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Lors de sa création, en janvier 1959, son administration centrale prend la forme d’un regroupement de services existants, placés auparavant sous la tutelle de départements ministériels distincts[3]. La gestion des départements des Antilles-Guyane et de la Réunion échoit ainsi à un secrétariat général des DOM, directement transféré du ministère de l’Intérieur, qui se renforce à l’occasion par l’absorption d’un service issu du ministère des Finances ; celle des territoires d’Outre-mer (TOM) revient, quant à elle, à une direction des TOM, héritière du ministère de la France d’Outre-mer. Cette structure duale se caractérise d’emblée par un déséquilibre au profit des DOM. Au sein du ministère, l’ascendant du secrétariat général des DOM, doté du statut d’« administration de mission »[4], concentrant l’essentiel des moyens ministériels, atteste d’une ambition pour ces départements, sans équivalent pour les TOM. La loi de programme pour les DOM du 30 juillet 1960 induit une nette croissance du montant des transferts publics au service d’un objectif de « rattrapage », tandis que la gestion des TOM reste marquée par une conception plus impériale de ces territoires, considérés avant tout comme des opportunités stratégiques, comme de leurs habitants, dont le caractère français paraît moins évident que celui des « domiens », citoyens depuis 1848[5]. 

Cette perception différenciée détermine la nature des relations qu’entretient la rue Oudinot avec d’autres administrations, selon qu’il s’agisse des DOM ou des TOM. Sous Charles de Gaulle et Georges Pompidou, la gestion des TOM, dont la Polynésie constitue le cœur névralgique du fait de son « statut nucléaire », tend en effet à s’intégrer au « domaine réservé » présidentiel en matière de défense nationale, en liaison avec le ministère des Armées et le commissariat à l’énergie atomique (CEA) pour ce qui concerne le Centre d’Expérimentation du Pacifique (CEP). En atteste le recours fréquent à une pratique de pouvoir, caractéristique du « domaine réservé » du chef de l’État en tant que garant de l’indépendance nationale : la convocation de conseils restreints, directement placés sous son autorité[6]. À l’endroit de la Polynésie française, la  rue Oudinot n’intervient donc pas directement dans les affaires nucléaires mais assure néanmoins des missions régaliennes essentielles, destinées à garantir la stabilité politique du territoire et à préserver les intérêts de la puissance française ; d’où l’ampleur des activités de surveillance déployées par l’entremise de sa Section d’études et de recherche (SER) et de ses Bureaux d’études (BE), placés sous l’autorité des gouverneurs[7]. Ces missions lui confèrent malgré tout une position gouvernementale enviable, qui se traduit par son accession au rang de ministère de plein exercice, doté à plusieurs reprises du statut honorifique de ministère d’État, directement connecté à l’Élysée par l’entremise du puissant conseiller présidentiel pour les DOM-TOM, Jacques Foccart[8]. 

Ce schéma institutionnel perdure jusqu’en 1974, même si celui-ci connaît son âge d’or avant 1969, sous les présidences gaulliennes. Il répond alors à un dessein bien précis, découlant de la vision hautement stratégique que les gaullistes se font de la Polynésie française. Il permet aussi de combler les attentes de la frange la plus « loyaliste » de la classe politique polynésienne : l’existence d’un ministère de plein exercice, en relation directe avec l’Élysée, apparaît en effet comme une preuve de considération, en même temps qu’un moyen de conjurer le spectre d’un abandon par la métropole. En 1974, l’élection du président Giscard d’Estaing vient bousculer ce schéma, avec notamment la mise à l’écart de son principal architecte, Jacques Foccart. Jusqu’en 1986 et le retour aux affaires de la droite gaulliste, le statut de ministère est ainsi dénié à la rue Oudinot, au profit de celui de secrétariat d’État, avec en sus un rattachement au ministère de l’Intérieur à partir de 1976 : un tel changement est vécu par certains hauts fonctionnaires proches des réseaux gaullistes, tel l’ancien secrétaire général des DOM (1972-1977), le préfet Jean-Émile Vié, comme un déclassement de l’Outre-mer au sein de l’agenda gouvernemental[9]. 

L’organisation interne des services ministériels est également affectée par la volonté réformatrice du nouveau président, convaincu de la nécessité de faire évoluer une structure administrative qui a été pensée par les gaullistes au nom d’une certaine idée de l’Outre-mer. Deux grandes directions thématiques, aux compétences transverses, conçues pour surmonter l’opposition entre les DOM et les TOM, voient ainsi le jour en 1979 : l’une en charge des affaires politiques, administratives et financières, l’autre des affaires économiques, sociales et culturelles[10]. La réforme répond à un souci de rationalité interne au ministère visant à atténuer, entre les deux services, les différences de culture professionnelle et les esprits de corps dans un contexte de départs en retraite croissants d’agents issus des corps de l’ancienne administration coloniale qui contrôlaient la direction des TOM depuis 1959. Il s’agit aussi d’imposer l’Outre-mer comme une catégorie d’action publique, étendue aux questions économiques et sociales, au-delà de ses composantes régaliennes. Enfin, les changements mis en œuvre par les deux secrétaires d’État aux DOM-TOM qui se succèdent au cours de mandat de Giscard, Olivier Stirn (1974-1978) et Paul Dijoud (1978-1981), conduisent à une redéfinition des leviers d’action de l’État dans certains TOM mais surtout du périmètre géographique de la compétence ministérielle. Au nom d’une approche politique qui se veut plus libérale, un premier statut dit d’autonomie de gestion administrative et financière est accordé en 1977 à la Polynésie française, où les contestations du CEP n’ont cessé de s’intensifier, tandis que s’engagent, dans d’autres territoires, des négociations débouchant sur les indépendances des Comores (1975), de Djibouti (1977) et du condominium franco-britannique des Nouvelles-Hébrides (1980).